De huidige molen werd in 1900 gebouwd ter vervanging van een in 1899 afgebrande achtkante molen. Bij de bouw werd de molen uitgerust met zelfzwichting.
Molenmaker Westra bouwde volgens zijn gewoonte deze molen met een relatief groot bovenwiel. Hij loste het hierdoor ontstane ruimteprobleem op door de vangbalk, uitzonderlijk voor Noord-Nederland, bóven het voeghout te plaatsen. Overigens is het bovenwiel met zijn zes plooistukken ook bepaald niet alledaags.

De molen bemaalde de Oosthemmerpolder, 700 ha groot, in eerste instantie tezamen met De Vooruitgang, een achtkanter die vlakbij Witmarsum stond. Die molen werd in 1955, nadat een elektrisch gemaal was gesticht, gesloopt. In 1967 werd in de Pankoekstermolen een dieselmotor geplaatst.

In 1976 werd de bemaling van de polder overgenomen door een nieuw gemaal, geplaatst tussen Bolsward en Schettens. De molen kreeg hierbij een restauratiebeurt, waarbij onder meer beide roeden werden vervangen. Helaas voorzag men die van Oud-Hollandse ophekking met zeilen, volstrekt onjuist, omdat deze molen vanaf de bouw met zelfzwichting uitgerust was geweest! De dieselmotor, die nu geen functie meer had, werd verwijderd. De molen maalde vanaf dat moment op vrijwillige basis.

Eind juni 2014 werden beide roeden gestreken, nieuwe stak men op 1 oktober dat jaar. Daarna is, zeer terecht, de zelfzwichting in ere hersteld.

In 2006 bestemde het Wetterskip Fryslân deze molen tot reservegemaal in geval van ernstige wateroverlast.