De molen werd in de 14e eeuw gebouwd. Hertog Willem van Gulik en hertogin Maria bepaalden op 26 december 1377, dat de Geitstapperbeeck beneden de Geitstapper-berch de geschikste plaats voor een molen te Vlodrop is. Steven van Oerade kreeg voor hem en zijn erven het gemaal van Vlodrop en werd verplicht op die plaats een molen te bouwen.
De oorspronkelijke molen was een korenmolen. In de 18e eeuw werd een nieuwe molen gebouwd met een koren en een oliewerk. De Rode Beek vormt ter plaatse de landsgrens. die midden door de beek loopt. De koren-en de oliemolen hadden een eigen waterrad. De lossluis bevond zich naast het molen-gebouw.
Het water werd vroeger in twee vergaar- ofmolenvijvers opgestuwd. Eén vijver lag net als de molen op de rechteroever de andere vijver lag op Duits grondgebied op de linkeroever. Ongeveer 60 m. boven de molen splitste zich uit de linkeroever een afslagtak af, die zich 40 m. achter de molen met de molentak verenigde. Op de splitsing was een verdeelwerk geplaatst, waarmee het water naar de vijver werd geleid. In de jaren dertig werd de vijver op Duits grondgebied gedempt.
De waterraderen hingen bij het landhoofd op Duits grondgebied. De korenmolen werd aangedreven door een houten middenslagrad, vroeger met houten, later met ijzeren schoepenen voorzien van een gemetselde krop. De middellijn bedroeg 4,70 m. en de breedte 0,64 m.
Het waterrad was niet krachtig. Daar stond echter tegenover dat de overbrengingsverhouding van het gangwerk 1: 5,28 klein was. Het waterrad van de oliemolen was een onderslagrad en hing direct achter het voorste rad. De middellijn bedroeg 5,40 m. en de breedte van 0,68 m. In de gegeven situatie maakte dit rad gebruik van de snelheid van het water, dat het voorste waterrad passeerde. Bij het malen van graan kon de oliemolen buiten bedrijf worden gesteld door uit het kroonwiel van de wentelas een paar kammen te nemen, zodat het aswiel vrij kon draaien. Bij het slaan van oliezaad werden om dezelfde reden enige kammen uit de bonkelaar onder het spoorwiel op de koning van het maalwerk verwijderd. Onder zeer gunstige omstandigheden moet het mogelijk zijn geweest om ook tijdens het malen oliezaad te slaan.
Op het einde van de Eerste Wereldoorlog werd de oliemolen stilgelegd en werden waterrad en oliewerk afgebroken. De zware ligger en de twee kantstenen of lopers van de kantstenen werden onder de vloer gegraven.
De inrichting van de molen is geheel van hout. Oorspronkelijk lag links op de steenbedding een koppel 17-er kunststenen en rechts een koppel 17-er blauwe Duitse stenen voor het malen van boekweit en tarwe. Het gangwerk dat de steen- spillen aandrijft, bevindt zich onder de steenbedding. In het midden staat een brede trap met een zakkenglijbaan. De koning is kort van bouw. Vanwege de beperkte plaatsruimte zijn het spoorwiel en de bonkelaar samengebouwd. De kamkoppen van de bonkelaar zijn daarom naar beneden gericht en werken samen met de kammen van het aswiel. De luiwerkas om de zakken op de steenkuipen te hijsen, ligt onder de steenbedding. De as is voorzien van een sterwiel. Met behulp van een bedieningstouw kan de as tijdens het malen zodanig verplaatst worden dat de kammen van het sterwiel gaan samenwerken met de kammen van het aswiel. De hijsreep, die om de as is geslagen, wordt met touwschijven boven de glijbaan en de steenkuipen geleid.
In het midden van de jaren vijftig werd het koppel blauwe stenen uitgebroken om ruimte te maken voor een kleine elektrische hamermolen, die geleverd werd door de firma Van Aarsen uit Panheel. Voor loongemaal bleef de watermolen nog slechts korte tijd in bedrijf. Het waterrad verkeerde toen al in slechte staat. Tenslotte werd er praktisch alleen handel in fabrieks-mengvoeders gedreven, want voor de hamermolen was weinig werk meer.
In de jaren zeventig maakte de familie Wassen plannen om de watermolen met het ene nog aanwezige koppel stenen te herstellen. De restauratie zou voor het Monumentenjaar 1976 moeten plaatsvinden. Er werden echter geen subsidietoezeggingen gedaan, ook niet voor een bijgestuurd plan in de jaren 1981-1982.
Op initiatief van burgemeester Smeets van Vlodrop en J.J.M. Ficq, vice-voorzitter van de Molenstichting Limburg, werden andere plannen ontwikkeld, die een totale restauratie en een andere ontwikkelingsvorm van de molen met huis en de bijgebouwen als doel hadden. De restauratie werd voorbereid en begeleid door Architektenbureau Palmen uit Sittard.
Op 19 maart 1987 werd de Gitstappermolen met alles wat daartoe behoorde door de gemeente Vlodrop gekocht. In hetzelfde jaar werd met de restauratie begonnen. Het bouwkundige werk werd uitgevoerd door aannemingsbedrijf Berben uit Herkenbosch, het molenbouwkundige werk door de firma Gebr. Adriaens uit Weert.
De molen werd in de oorspronkelijke staat met twee koppel stenen hersteld. Het nieuwe houten waterrad met de watergeleiders, door Ing. Van Bussel ontworpen, heeft een middellijn van 5,0 m. en een breedte van 0,85 m. De ijzeren schoepen van het middenslagrad hebben een bijzondere vorm en krijgen het water door aangepaste coulisse-openingen toegevoerd. Aan de voorzijde is een nauwsluitende betonnen krop aangebracht. Zoals voorheen wordt de maalschuif met een houten haal bediend. Het waterrad hangt niet meer aan de Duitse kant van het landhoofd, maar langs de gevel. Aan de Duitse kant bevindt zich nu de lossluis.
In 1987 werd ook de Stichting Vrienden van de Gitstappermolen opgericht. Deze stichting stelt zich als doel de molen te beheren en te exploiteren. In de zomer van 1988 was de restauratie voltooid en op 20 augustus 1988 werd de molen door gedeputeerde ir. M.H.C. Lodewijks officieel in gebruik gesteld.
